吉兆营清真寺位于南京城市主干道中山路东侧吉兆营43号。原为中式庭院建筑占地1.2亩。始建清乾隆三十五年(1770)礼拜大殿与对厅均为大屋顶，南侧入寺甬道、北侧水房、殡舍俱全。太平天国时被焚毁。
　　辛亥革命之初坊间杨乐泉、陈经畲诸君从商收入颇丰，举意重建，经集资营造达五年之久终如愿以偿。寺聘鲁豫青京宁名师执教，教风严谨，学风淳扑。寺办清源小学培养回汉学生。 
　　2009年百年寺院被市房屋安全鉴定为险房亟待大修。南京市伊斯兰教协会斥资，众乡老集资，聘东南大学建筑设计院设计，使新寺成为既有传统文化气息又有现代元素的标志性建筑，占地面积815.5平方米，楼高四层，使用面积1400平方米。