江宁区湖熟镇是南京古文化起源地之一，这里祖居回族世家，并以粮业、鸭业生存。明洪武年间在水北繁华街建寺，故湖熟寺亦称水北清真寺。
　　寺座东朝西共三进，庭园式格局。光绪二十二年重修礼拜大殿，1919年翻建附房，次年建进寺拾级台阶，改建门厅，北侧建房四间做为寺产，置田地供寺用，庭院内有四株300余年古银杏。
　　1984年落实政策，寺被腾空归还并拨专款修葺礼拜大殿，使之恢复原样。1995年、2001年多次修复附房、客堂、经堂、水房等，使其功能齐全。
　　湖熟清真寺被政府命名为市级文保单位。